电子肠镜检查需在患者配合下，将肠镜放入直肠内进行检查。
1、受检者取侧卧位趟于检查床上，左侧卧位或右侧卧位均可，同时双腿屈曲。
2、医生在肠镜表面涂抹润滑剂（一般为硅油）后，由肛门缓慢放入，依次观察直肠、乙状结肠、降结肠、脾曲、横结肠、肝曲、升结肠、盲肠，甚至进入回盲部到回肠末端，了解有无肠腔出血、息肉、憩室、狭窄等病变。医生在操作过程中会适当进退镜身，并酌情注气或吸气。
3、检查时受检者注意放松心情，以减缓肠道蠕动，并积极配合医生，有利于检查的进行。
整个检查过程可能需20~30分钟，但部分患者也可能仅需5分钟，或者1小时才能完成检查，具体根据病人情况而定。一般较瘦的人，肠道比较游离，检查操作时相对困难；较胖的人肠道较固定，操作相对简单，所需时间可能较短。建议在医生指导下合理进行电子肠镜检查，以明确机体病变情况。